工人的內在裝備(1:1~18)
保羅寫提摩太後書，比較寫前書的時候，在文字間感受得到教會情況轉變極大。寫前、後書的中間，在西元64年發生了火燒羅馬城六天七夜。羅馬皇帝尼祿將火災的責任栽贓於基督徒，基督教也被認定為邪教，這時聖徒的信仰受到很大的考驗。保羅是在第一次拘留釋放後，又去探訪各教會途中突然被捕，再度被監禁於羅馬。這次和前次的僅限制居住情況不同，是由政府所指控。保羅自知在世時日無多(4:6)，簡要地將最後幾件重要的事，寫信作為交託。也再度勉勵提摩太，含有臨死前移交事工的意味。
在保羅被監禁，聖徒多有殉道這種艱困的環境下，提摩太接續了保羅的事工。保羅對提摩太的負擔很重，勉勵提摩太，如他一樣，用清潔的良心事奉神。在這種困難環境當中，依靠神的帶領是非常的重要。如果良心受到玷污不夠敏銳，和神有了隔閡，就不能摸著神應時的旨意，是很危險的事。同時要依靠聖靈的能力和信心來度過艱困的時期。保羅的服事素來所依靠的聖靈的恩賜，已藉著按手傳給了提摩太。保羅提醒提摩太，這時需要挑旺他所得的恩賜，當然是要藉著越多使用才越有。而提摩太的信心，是先在他的外祖母和母親裡面的，保羅相信也會在提摩太裡面。通常屬靈的恩賜是不會遺傳的。保羅所以相信提摩太也會有同樣信心的恩賜，應該是指神也願意祝福這樣屬靈的人的後代，後代從小有榜樣可以學習，應該很容易就培養出相同的屬靈恩賜。這裡看到，屬靈的恩賜一方面是可藉著代代相傳，一方面可藉著按手而來。我們感謝神，我們在基督裡今世所經營的是何等的有價值，連我們的後代子孫都能蒙福。如同以色列人的蒙福，是藉著先祖亞伯拉罕而來(羅4:13)，神賜福他的後裔直至千代(出20:6)。提摩太的個性可能比較拘謹(提前4:12)，保羅最後再以他自己所經歷的勉勵提摩太－神所賜給的聖靈，是剛強和能力、愛和清明自守的靈，用以鼓勵提摩太常投靠聖靈(1~7節)。
保羅知道，要能有效的勉勵一個人，不是靠一些知識和道理使人認同。而是要將人的靈拔高到能與神聯合，從永世的眼光看地上發生的事。在那個福音的本質都被扭曲的黑暗時期，世人心思都被破壞，以福音為恥的時候。保羅堅定地宣告，他知道他所信的是誰。他帶提摩太看見萬古以先，他們行為還沒作出來的時候，神就已經預定了他們，要在基督裡賜給他們恩典，為要完成神的旨意。而現今藉著基督耶穌的顯現，藉著祂的死，將死廢去，釋放了所有因怕死而為奴的人(來2:14)，死已經不再能轄制人。這是新約所傳的福音，保羅清楚知道他在神永世經綸裡的角色。因此他能輕看這些至暫至輕的苦楚 (林後4:17)。這些福音的話語保羅交託提摩太，不是要提摩太靠著頭腦去記憶，而是要在基督耶穌裡，靠著聖靈的能力，藉著信心和愛心的實行，成為他的實際，才能守得住(8~14節)。
最後，保羅也提起亞西亞聖徒的情形。在這裡寫到「凡在亞西亞的人都離棄我」。保羅被抓事出突然，不太可能知道全亞西亞聖徒對此的反應。這裡應指保羅被捕的時候，身邊還有一些跟隨的亞西亞信徒，可能因為害怕遭受牽連，當時都不敢承認和保羅的關係。保羅說到「這是你知道的」，表示是一件發生過的單一事件，也傳到提摩太耳中了。這幅圖畫有些像耶穌被捕的時候門徒四散，甚至連先前大膽誇口的彼得都退縮了。這裡保羅也提到兩個人腓吉路和黑摩其尼，從語氣上看來，他們可能是在當時亞西亞眾教會中比較長進的，在保羅被捕時也在身邊，他們的反應讓保羅失望了。保羅和服事亞西亞地區的提摩太交通這事，是讓他知道那裡聖徒的屬靈情況。提說那兩人，並不是要定他們的罪，應該是像主耶穌待彼得一樣，需要特別的照顧並挽回。而阿尼色弗一家的人，也是亞西亞的聖徒，住以弗所城，當保羅被抓時他們不在旁邊。但後來去到羅馬找到保羅，使保羅心裡很得安慰(15~18節)。
作基督的精兵(2:1~7)
在仇敵的攻擊猛烈，環境惡劣的情況時，神不期盼有大量的戰士，神需要的是訓練有素基督的精兵。在歐洲黑暗時代一千年的時候，聖經被封閉聖徒被迫害，聖靈在地上依然找到忠信的聖徒，將那純正的信仰傳遞下去。保羅知道這時他遇到的正是這樣的環境，他要把他的負擔傳遞給提摩太，也要他能積極得著基督的精兵：
基督的精兵不是憑天然的血氣，乃是懂得取用神更多的恩典，靠恩典而站立的一班人。基督的精兵傳達真實屬靈的教導，都不只是口耳相傳，乃是先要將神的話藉著苦難組織和驗證在自己的身上，才夠資格作人的師傅，帶領聖徒學習並進入。保羅告訴提摩太，要找到有忠心，並且能教導別人的人，才是好的材料。將神的話語交託他們，才能一代一代的傳下去。如同主耶穌在地上，並不是靠螞蟻雄兵將福音廣傳，乃是成全出可靠的十二個使徒，再出去成全其他的精兵。所以神的僕人，不是靠廣大的講台，越多聽眾越好。而是如同師傅帶著徒弟作，直到徒弟學會為止，這才是聖靈作工的法則(1~3節)。
作為基督的精兵，必須是沒有世務纏身，也就是沒有撒旦可攻擊的缺口漏洞。撒旦的攻擊常是藉著人周邊的人、事、物，躲在其後來攻擊。如果在我們身上的己、肉體、心思、情感、意志，還有一些沒有經過十字架對付乾淨的，就像是軍裝中有了破口，隨時有受傷甚至死亡的危險。別人可能看不出來，但撒旦非常清楚。牠能很準確地將火箭射進來，讓我們心思被攪擾失去常度，無法回到靈中安靜在神面前禱告，結果就註定是失敗。這些火箭例如說，親情的繫絆、金錢的損失或誘惑、人的誤會、名譽的損失、情慾的誘惑、身體的痛苦、成功的驕傲、工作的不順利、被人孤立…，太多屬世的事情都能被撒旦利用來攻擊神的僕人。主耶穌能夠一值得勝到終，因為世界的王在祂裡面毫無所有，撒旦沒有在祂身上取得地位，埋下可攻擊處(4節)。
保羅將這種屬靈的爭戰，比喻作場上的比武。基督早已得勝，如果我們都在基督裡與基督聯合，得勝是必然的。這是靈界的法則。第5節隱指如果我們將世務纏身，就失去了「在基督裡」這個地位，我們就無法贏取勝利。
6節的糧食，不應該解釋為物質的養生之物而言，這樣和前面的經節在思路上就無法連貫。這裡應指的是那些為主作工爭戰的僕人，外面看似勞苦，但主應許他們，裡面必定先得著神親密的同在。對一個愛主的聖徒而言，能得著神的同在，是他最大的享受與滿足。有了神的恩典和同在，也是人能為神打那美好的仗的根基。
最後保羅吩咐提摩太，對於他所說的話，提摩太要思想，主也必給他聰明。通常我們都知道，對於聖經的話我們都該思想，不是讀過去就算了。但是「思想」的方法，也不是絞盡腦汁，碰到問題非要馬上得著一個像是合理的解釋為止。我們可以從馬利亞的例子看到，就是先將問題存在心裡認真地思索，等候時間的印證(路2:19)。如果我們對問題認真看待，不放它過去，聖靈就會在合適的時間和環境下啟示我們。甚麼是合適的時間？就是神認為我們該知道，也有能力知道的時候，神就會給我們聰明智慧真正的明白。
神的話不被捆綁(2:8~18)
保羅作為一個傳神的話語的人，他對神的信實和祂話語的不改變，有著非常的堅信。祂話語的中心，就是耶穌基督是大衛的後裔，乃是他們所期盼的那個彌賽亞。祂現今已從裡復活，活在人的裡面，而使徒是作為祂復活的見證人(8節)。
保羅受託負傳耶穌基督已經從死裡復活的福音，他知道這活的福音，神會讓它傳到地極。承擔這託付的使徒，責任是重大的。他也知道傳這福音的使者，會被仇敵攻擊，甚至綑綁作監殉道，但神的話不會因此就沒出路。所以為著神的話語能廣傳，使徒必須凡事忍耐並等候神，讓神的話在合適的時候，能藉著他們達到相信的人身上。保羅也知道人還是屬肉體，有軟弱的時候。即使是使徒，也可能會軟弱。就自我勉勵:他是已經與基督聯合的人，他能經歷與基督同死同活；現今短暫的苦難，是為要成就將來一同作王的榮耀；如果因失敗否認了主名，將來就失去獎賞；人即使因缺乏信心而失敗，但神的話立定在天，神仍然會負責成就祂的話，祂不能不顧祂的信實(9~13節)。
保羅勉勵提摩太，要忠於神的話，要作無愧的工人，正確的解說真理，並能使眾人回想這些話語(14~15節)。一個好的話語職事，說過的話總要有幾句是能刻畫在人的靈裡。過一段時間當人回想的時候，仍能感覺新鮮，在他的生命中影響他。而不是聽的時候覺得有味道，但過沒多久就忘光了，對生命沒有甚麼改變，這話也就沒有甚麼價值。
保羅也要提摩太囑咐聖徒，不可為言語爭辯、遠避世俗的虛談。人的口若沒有受約束，最容易讓生命漏掉，走向不敬虔。保羅特別點出兩個人許米乃和腓理徒，可能就是愛爭辯就偏離了真理，說復活的事已過，就敗壞好些人的信心。出於人頭腦的辯論，時常為了爭勝，就找出很多似是而非的道理求勝。這時魔鬼就有很大的空間來置入一些歪理，敗壞聽見的人。
貴重的器皿(2:19~26)
保羅寫這信的時候，教會中有了異端邪說，也滿了背道的人。保羅要再拔高提摩太的靈，從天上神的眼光看地上：作為真理柱石和根基的教會已經建立，神永不放棄教會。神認識教會中每個人的情況，並呼召聖徒能聖別自己和脫離不義，成為教會的見證。
在神眼中，真正的教會是基督的擴大，基督在其中掌權並彰顯祂自己。而第20節這裡用了「大戶人家」，表示一個滿了人意的教會，在神眼中實不能稱之為教會，只能用大戶人家來形容其中的情形。大戶人家有金器銀器，也有木器瓦器；有作為貴重的，有作為卑賤的器皿。我們都知道金器銀器就是經過基督救贖的工作，生命性情已經變化滿了神的成分的聖徒。而木器，可能就是人只經過了神在外面的一點的雕刻，裡面還是天然人的生命性情；瓦器可能就是經過了神一些的製作，也經過一次大的對付，生命雖有些改變，但還沒有被神的生命所取代。雖然說是木器瓦器，但在一個大戶人家中，木器瓦器還很可能是最常用、被用得最多的器皿。好比一個教會，有許多愛主的聖徒，有負擔服事主，殷勤為主作工，但卻不肯安靜下來，常在內室神的光中，在生命中接受神的對付。他們所服事的過程，是傳講關於基督的道理；服事的結果，不能將基督的生命帶給人。
神更希望要的是金器銀器，是能明白神的旨意的人，神能直接使用的器皿。也就是他們被聖別出來歸神，聖靈安家在他們的裡面，聖靈穿上他們來工作和生活。21節說到這樣的器皿，神對他們的要求，就是要自潔，不沾染污穢。因為神是聖潔的，不能和不潔的人聯合。也要脫離卑賤的事，這和上節的卑賤器皿合起來看，就是要脫離人意，脫離自己的主張和能力，要練習凡事依靠神。當人能完全的被分別出來，且能完全順服，就是神能用的貴重的器皿。
提摩太年紀還輕，最需謹慎的就是情慾的誘惑。保羅告訴提摩太的，就是要逃避試探的環境，並用追求公義、信、愛、和平來充滿他的心思。所有的試探都是眼目或耳朵接觸到以後，然後心思開始思想。逃避的意思就是不刻意接觸試探的事；若無意間接觸到，就趕快逃，不留時間讓情慾的念頭發芽去思想(22節)。一旦開始思想或企圖抵擋，最終一定是被擄去。人的肉體有多敗壞，真正經歷過的人才會知道。
最後，保羅囑咐提摩太要棄絕和人辯論，那是愚拙的事情。兩人看法若有不同，辯論是不會得到結論，只會激動肉體，誰也不服誰，最終產生彼此爭競的關係而已。主的僕人要避免這個，只要忍耐、溫和的教導眾人。碰到抵擋的時候，不是和人辯論征服人，而是用溫柔的態度勸戒。人會抵擋神，是人的心思已經被魔鬼擄去。除非神光照他們，給他們悔改的心，才有能力脫離魔鬼的網羅。而不是靠人的智慧辯論能改變人(23~26節)。
末世的背道(3:1~17)
這裡講到末後的日子，對於一個敬虔的基督徒來說，要站立得穩是相當艱難的。我們看到從寫聖經的時候，很多書信就已經講到了末後的日子或主來的日子。但到現在已經兩千多年了都還沒應驗。為何那時就說是末後的日子？我們可能就要回到但以理書的七十個七了。當彌賽亞必被剪除之後，就已經完成六十九個七，剩下末七就是世界的末了。從這時間的里程碑來看，主耶穌釘死以後，的確就是到末後的日子了。中間會隔多少年，是個奧秘沒人知道。但主說祂來的日子，像賊一樣隱密。所以活在這一段恩典時代的人，都活在等候末七之不確定時間，都該是警醒等候主的人。
第1~5節所說的諸般罪惡，到現今比那時是更為明顯了。由於生存的競爭；科技的進步，世界加劇的誘惑；知識的爆炸；網路世界無遠弗屆…。驅使人更多的想肯定和高抬自我、多方滿足肉體、而遠離神，產生種種的罪惡。人離開了光，就會在黑暗裡行，產生種種的罪惡。
在現今科技進步的時代，犯罪比往昔更加方便。現在人只要靠著網路社交平台，不需要偷進人家，就能誘拐無知婦女了(6節)。第6~7節並闡明了一個真理。就是當人在罪中，沒有對付乾淨的時候，缺少聖靈的同在，缺少啟示。就會常常學習，終久不能明白真理。所以，如果我們說讀不懂聖經，這不是一件小事。可能是我們的魂出了問題，思想和聖靈扞格不入，以致聖靈的說話成了雞同鴨講。
提摩太從保羅身上學習到的，除了他所說的以外，還有品行、志向、信心、寬容、愛心、忍耐、逼迫、苦難，還有神的信實。這些不是只有聽到保羅說的，還有看到他活出來的。保羅對提摩太說，你知道你是跟誰學的(14節)。要跟誰學，就要學會他的一身本事。屬靈的教育就是學徒制，不是學生制。要跟著屬靈的師傅邊看邊作，直到學會為止。
最後，保羅對聖經的價值，有很明確的肯定。16節原文，應該譯作「聖經都是神所吹氣的…。」更好。在創世記和約翰福音我們看到，神的吹氣，就從聖靈帶進生命(創2:7、約20:22)。聖經的寫成，如同帆船順著風吹，吹到哪就走到哪；聖靈怎樣在人裡面吹氣推動，人就怎樣寫出來。而讀聖經的人，不能只是看到字句的表面，還要能看到字句背後聖靈的真意。人摸著背後的聖靈，才能摸著生命。當然，要得著生命，還必須信而順從。沒有信心，聖經的話就與他們無益(來4:2)。整本聖經的主軸，其實就是要人對神的話信而順從而已。
務要傳道得公義冠冕(4:1~8)
保羅第二次在羅馬作監，這次被囚跟上次截然不同，他完全失去自由，被戴上手銬腳鐐當作重犯看守(1:16，2:9)。這次保羅預感在世日子不久(4:6)，也想到提摩太要面對更艱難的局面，預期提摩太和他的命運幾乎會一樣。在書信的末了，保羅分享了他預備見主前的想法。
保羅的生活，可以說是天天活在神的審判台面前，隨時預備好迎接主的顯現和祂國度降臨的人(1節)。神既將使徒的職分託付給他，他就忠心的盡職。不論在人看時機是否合適，總是盡量讓每一個人都聽到福音，用百般忍耐教導，告誡、責備、勸勉人(2節)。成果如何，是在神的手中，他只忠心的盡他該盡的責任。他也知道，後來的日子，異端邪說會越來越多。他必須及早為聖徒打好信仰的根基，讓神的話能傳得全備(西1:25)。
教會原本該是真理的柱石和根基。但保羅也預先看明，後來的日子，人必厭煩純正的道理。在保羅心中福音最純正的真理，就是以基督和十字架為核心(林前2:2)。基督是帶進恩典和生命，這個是沒有人會反對的；十字架卻是要人拆毀自己，這會讓舊人感到痛苦，就會讓人逃避的(加5:11)。屬肉體的人，就樂於尋找那些十字架的替代品或改良品的道，實質上是各種不同的福音(加1:7)。堅持傳講十字架的，就會被排斥，甚至受逼迫。保羅是忠心的過來人，也勸提摩太要凡事謹慎，應該是在真理上的保持純正。還要忍受苦難，作傳道的工夫，盡他的職分(3~5節)。
保羅知道他快要到主那裏了。在這裡我們可以看到，保羅對他一生所盡職份的評價，在神面前有把握，滿足了神的託付，能在主面前得獎賞(7~8節)。保羅真是為聖徒立了一個好的榜樣。是的，不需要等待到那日，每一個聖徒今世都能知道，自己將來是否能得獎賞。只要在光中察驗自己，是否在自己身上給肉體和世界還有殘餘的地位；聖靈是否已經安家在我們裡面凡事指引；我們又是否能凡事順服。如果我們的心都能不責備我們，就可以向神坦然無懼了(約一3:21)。
信末後語(4:9~22)
從保羅信末的交待，可以約略看出保羅作監當時的情況。基本上看來，這次作監雖然整個情況較為肅殺。但保羅有羅馬民籍，雖被監禁還是有一些基本人權。由信上看來，他還是能自由接受探監；為自己辯白的時候，還能暢所欲言。從書信看來，保羅知道他生命終了時間緊迫，但一點也看不到他為自己的性命擔憂，反而是擔心他的事工，要盡速安排妥當。
保羅知道時間不多，催促提摩太帶著馬可趕緊到羅馬(9、11、21節)，應該是有重要的事要當面交待。但他也非常看重以弗所的事工，催促提摩太到羅馬之前，已先打發推基古到那裏接替提摩太的服事(12節)，和百基拉、亞居拉、阿尼色弗一同配搭(19節)。
保羅此時作監的時候，仍然履行他的話，就是在得時或不得時都傳道(2節)。像是最後一次到在耶路撒冷的時候一樣，雖然被拘捕，但在被審問的時候，仍然抓住機會向羅馬官長傳福音傳得透徹(17節)。至於他坐監所接觸帶得救的聖徒，和處於危險的羅馬的教會，仍是他最關心的。就需要非常忠心的同工的配搭，保羅選中提摩太和馬可。而醫生路加，應該一直是留在保羅身邊與他同工並照顧他的身體(11節)。
保羅的最後一次的行程，可能是停留在特羅亞，在離開住處尚未回到家時被拘捕。保羅寫這信時，已經坐監一段時間快到冬天了(21節)，需要加增衣服，所以請提摩太帶來。同時也將留在特羅亞住處的書卷和皮卷帶來(13節)。皮卷應該是舊約書信；而書卷應該是指當時代已發明的蒲草紙書寫的書卷，應該是那時期，神向其他人所啟示關於舊約聖經的著述。神向不同人有不同的啟示，都是根據於那人有需要和夠資格領受那啟示。
保羅也提到他初次申訴，沒有人前來幫助(16節)。初次申訴應是指這次坐監後，第一次的提審答辯。應該是當時情勢險峻，很多人都害怕被牽連而離開。保羅也能根據審問的氛圍，知道這次要被判死，有殉道的準備了。
信末也提到幾個人。銅匠亞力山大，保羅特別提到他的職業，似有意指他原是以製造神龕神像為業，所以忌恨保羅，在提審過程作偽證陷害保羅。同時，他也很可能是到處奔走，極力散播抵擋保羅所傳福音的訊息，保羅要提摩太多留意防備此人(14~15節)。而底馬這位同工，保羅職事後期曾與保羅在一起。保羅第一次坐監寫歌羅西書、腓利門書的時候，都曾和保羅一同署名。但這次看到保羅和上次坐監顯然不同了，他在這緊要關頭，就選擇離開羅馬去帖撒羅尼迦愛世界了(10節)，非常可惜。這裡也提到馬可，這位富家公子，原先在和保羅巴拿巴出外傳道時，吃不了苦半途而廢(徒15:38)。如今卻能到處奔走作主的工，後寫了馬可福音，保羅也承認他在服事上對保羅的益處。一種生命徹底的改變，這事非常激勵我們。同時也提醒我們，不輕看、不放棄每一個一時軟弱的聖徒。