前言
這卷書是保羅第一次到羅馬被拘禁的時候寫的。保羅因有羅馬公民身份，在拘禁期間，仍享有相當的自由能接見訪客。在那時一個叫阿尼西母的聖徒因他傳講的福音得救了，得救後就在保羅的身邊服事保羅。阿尼西母原是歌羅西教會長老腓利門家中的逃奴。保羅應該是從阿尼西母這裡知道了這層關係，覺得這事情必須有個解決，使阿尼西母在服事的路上，才能夠有一個清潔的良心。在當時的情況，保羅年紀已大了，身邊的確需要人的伺候(9、13節)。腓利門是保羅帶得救並接受他成全的同工，保羅在他身上有權柄。這時最便捷的解決方式，就是保羅運用權柄，像是調解人對調解雙方簡單的吩咐一下(8節)，腓利門沒有不順服的道理。但保羅知道這不是在教會中解決事情最好的方式。
教會中解決聖徒間有虧欠的事，不是單獨要求被虧欠的一方能在愛裡包容，也不是等時間久遠淡化了就算了，必須要澈底的對付。如果沒在光中經過真正對付，兩個人心裡仍有芥蒂，交通就不能敞開。基督的身體中的兩個肢體如果不能完全自由的交通，深處沒有真正的過去，下次再有其他的事情發生，撒旦也能見縫插針，翻出舊帳來製造問題。
保羅於是寫了這一封私人信函給腓利門。沒有運用他使徒的權柄，沒有讓腓利門覺得他是因必須順服權柄而不得不赦免阿尼西母。保羅是在愛裡懇求，如同父親為自己犯錯的兒子請求。這雖然是一封私人信函，但對於處理聖徒間有虧欠的情事，仍然是滿了生命的供應。這實在是立下了一個良好的典範，因此也被聖靈納入了聖經裡面。
保羅寫這封信，原可以和歌羅西書一起，請推基古帶去歌羅西就好。但顯然保羅希望阿尼西母能到腓利門那裡當面認罪，接受該有的對付，卸去良心上的重擔；也希望腓利門能看到阿尼西母真心的悔改，心甘樂意接納阿尼西母，將來同作肢體再無任何芥蒂。一個罪人有真實的悔改，被對方感受其憂傷痛悔的靈，是很容易能被原諒的。保羅顯然是藉這事情來成全腓利門，希望他的生命度量能被擴大，學會赦免人。使他的赦免不是出於個人的情感，而是出於基督耶穌的心腸。保羅用話語開啟腓利門，學習從一個屬靈的眼光來看事情，讓他對阿尼西母赦免的心意，滿了基督的馨香。
腓利門書(1~25節)
從這卷書裡面，我們大概可以看出保羅作為一個使徒，如何尋求聖靈的智慧解決聖徒間的問題。我們讀聖經時，總要讀出隱藏在這些文字背後，作者那時靈裡的真實情形，能成為我們的幫助。神賜給我們聖經的目的，就是要藉著認識那推動這些話語背後的靈，提升我們靈的品質。
這封信一開始，就看到保羅經常為著腓利門的禱告，也關心他屬靈上的長進和顯出的功用。保羅不是像我們，很多時候只為著軟弱和跌倒的聖徒禱告。保羅更關心他的同工是否有長進，能夠接續他完成神在地上的工作，這是他歡喜的來源。而這一切屬靈的長進，都是連於基督、為著基督。保羅在信的開始，就將腓利門帶進在基督裡同工的關係，各樣善事都是為基督做的，這樣正確的地位(4~7節)。
在教會中使徒雖然可運用屬靈的權柄服事，但權柄的目的原不是為轄制人而是要造就人(林後10: 8)。強用權柄聖徒雖不能不服，是能夠解決問題，但對生命的造就沒有幫助。所以有些年紀的保羅，知道權柄的限制，寧可在愛裡求。若教會中能處處在愛裡生活行事，才能有真正的建造(弗4:16)(8~9節)。
保羅求的方式，又有不同的切入點。在保羅這一方面，保羅讓腓利門看見，保羅已經有年紀(9節)，可能多年的奔走勞累身體大不如前，需要阿尼西母的服事(13節)；保羅這段時間已經與阿尼西母建立了深厚如同父子的關係，保羅鍾愛他(10、12節)；保羅是想直接將阿尼西母留下(13節)，但也願成全這小弟兄勇於面對自己的過錯。
阿尼西母回去，是需要有一些膽量的。當時的法律，對待逃奴是可以直接處死的。他逃出來的時候，可能也偷竊了一些財物 (18節)，這問題更大了。但他仍必須勇敢的去面對問題，藉著真實的悔改，得著赦免洗淨良心的虧欠(徒26:20)。
在腓利門這一方面，保羅讓腓利門看見，阿尼西母可以代替腓利門伺候保羅(13節)。可見腓利門原想和以巴弗追隨保羅到羅馬(西4:12)，可是腓利門被留在歌羅西照顧教會。阿尼西母的事情，是有神的美意。神藉著他的逃跑，改變了他。從一個偷竊和悖逆的光景中挽回，能夠成為忠信的服事者，代替了腓利門在羅馬伺候保羅。並且，阿尼西母這種手腳不乾淨時時準備逃跑奴僕，對主人而言沒甚麼價值。現在經過了這過程，完全轉變了，對保羅和腓利門都成為有益處(11節)。阿尼西母暫時的逃跑，也是神命定叫腓利門永遠得著他(15節)。這是神智慧的安排和豐富的恩典。腓利門的眼光應該被拔高、能看見，從心理的怒氣轉向對神的讚美。對於原諒逃跑的事，現可能解決了。但阿尼西母的偷竊損失，按神公義的法則，原則上仍應要償還，否則是不義！阿尼西母的偷竊所得，可能早已花費盡了，保羅承諾替阿尼西母承擔這債責(18 ~19節)。
在神這一方面，阿尼西母已經是在主裡親愛的兄弟。如果腓利門認保羅為同夥，就當像保羅一樣接納阿尼西母，按對待弟兄正確的方式對待阿尼西母(16~17節)。這是屬靈的法則，神所接納的，我們就當接納(羅14:3)。
最後，保羅也提醒腓利門屬靈上的擁有，在恩典上腓利門對保羅是有負債的。所以保羅現在是反過來求腓利門的恩典，希望腓利門能使他暢快。這不是還債的觀念，而是在愛中的扶持應該是彼此互相的。保羅相信腓利門能聽得進去、能順服，且按他的度量做得更有恩慈。為的不是順服保羅，乃是順服神智慧的安排(19~21節)。
最後，保羅對於這事的交通應該很有把握了，盼望藉著聖徒的禱告得釋放，能再到他們那裡去。因為這事如沒能解決，保羅去的時候豈不尷尬？如果沒能解決，這卷書信大概也沒法流傳下來了。(22節)
從最後的問安當中，我們大概瞭解，那時與腓利門同教會的以巴弗和保羅住一起，可能頂替阿尼西母服事保羅；其他馬可、亞里達古、底馬、路加等同工，則留在羅馬代替保羅四處奔走傳福音造就聖徒。